% Add the following three lines to the preamble:
% \usepackage{multirow}
% \usepackage{dcolumn}
% \newcolumntype{,}{D{,}{,}{-1}}
\begin{tabular}{|l||,,|,|}
\hline
& \multicolumn{1}{c}{\multirow{2}{*}{Agenti}} & \multicolumn{1}{c}{\multirow{2}{*}{Reference}} & \multicolumn{1}{|c|}{/Reference} \\
& \multicolumn{1}{c}{} & \multicolumn{1}{c}{} & \multicolumn{1}{|c|}{/Agenti} \\
\hline
Tok vozidel [voz/h] & 1400,00 & 2333,00 &  66,6\,\% \\
Průměrná doba jízdy [s] & 147,06 & 143,57 &  -2,4\,\% \\
Směrodatná odchylka doby jízdy [s] &  75,48 &  54,74 & -27,5\,\% \\
Průměrné zpoždění [s] &  72,90 &  69,34 &  -4,9\,\% \\
Směrodatná odchylka zpoždění [s] &  74,75 &  53,97 & -27,8\,\% \\
Průměrná rychlost [km/h] &  29,28 &  28,85 &  -1,5\,\% \\
Směrodatná odchylka rychlosti [km/h] &  11,14 &  10,74 &  -3,6\,\% \\
Hustota vozidel [voz/km] &   9,54 &  15,40 &  61,4\,\% \\
Průměrná doba zastavení [s] &  59,22 &  54,49 &  -8,0\,\% \\
Směrodatná odchylka doby zastavení [s] &  70,59 &  50,70 & -28,2\,\% \\
Počet zastavení [-] &   2,12 &   2,10 &  -0,7\,\% \\
\hline
\end{tabular}