% Add the following three lines to the preamble:
% \usepackage{multirow}
% \usepackage{dcolumn}
% \newcolumntype{,}{D{,}{,}{-1}}
\begin{tabular}{|l||,,,|,,|}
\hline
& \multicolumn{1}{c}{\multirow{2}{*}{Reference}} & \multicolumn{1}{c}{\multirow{2}{*}{Agenti}} & \multicolumn{1}{c}{\multirow{2}{*}{Agenti v2}} & \multicolumn{1}{|c}{/Agenti} & \multicolumn{1}{c|}{/Agenti v2} \\
& \multicolumn{1}{c}{} & \multicolumn{1}{c}{} & \multicolumn{1}{c}{} & \multicolumn{1}{|c}{/Reference} & \multicolumn{1}{c|}{/Reference} \\
\hline
Tok vozidel [voz/h] & 1399,00 & 1400,00 & 1400,00 &   0,1\,\% &   0,1\,\% \\
Průměrná doba jízdy [s] & 144,13 & 155,18 & 150,64 &   7,7\,\% &   4,5\,\% \\
Směrodatná odchylka doby jízdy [s] &  72,94 & 111,59 &  78,34 &  53,0\,\% &   7,4\,\% \\
Průměrné zpoždění [s] &  69,98 &  81,02 &  76,48 &  15,8\,\% &   9,3\,\% \\
Směrodatná odchylka zpoždění [s] &  72,23 & 110,88 &  77,60 &  53,5\,\% &   7,4\,\% \\
Průměrná rychlost [km/h] &  29,64 &  29,41 &  28,84 &  -0,8\,\% &  -2,7\,\% \\
Směrodatná odchylka rychlosti [km/h] &  11,06 &  11,63 &  11,25 &   5,1\,\% &   1,7\,\% \\
Hustota vozidel [voz/km] &   9,35 &   9,93 &   9,80 &   6,2\,\% &   4,8\,\% \\
Průměrná doba zastavení [s] &  56,56 &  67,64 &  62,86 &  19,6\,\% &  11,1\,\% \\
Směrodatná odchylka doby zastavení [s] &  68,62 & 107,90 &  73,18 &  57,3\,\% &   6,6\,\% \\
Počet zastavení [-] &   2,05 &   2,16 &   2,16 &   5,3\,\% &   5,3\,\% \\
\hline
\end{tabular}