% Add the following three lines to the preamble:
% \usepackage{multirow}
% \usepackage{dcolumn}
% \newcolumntype{,}{D{,}{,}{-1}}
\begin{tabular}{|l||,,|,|}
\hline
& \multicolumn{1}{c}{\multirow{2}{*}{Reference}} & \multicolumn{1}{c}{\multirow{2}{*}{Agenti}} & \multicolumn{1}{|c|}{/Agenti} \\
& \multicolumn{1}{c}{} & \multicolumn{1}{c}{} & \multicolumn{1}{|c|}{/Reference} \\
\hline
Tok vozidel [voz/h] & 2333,00 & 2333,00 &   0,0\,\% \\
Průměrná doba jízdy [s] & 143,57 & 150,48 &   4,8\,\% \\
Směrodatná odchylka doby jízdy [s] &  54,74 &  61,35 &  12,1\,\% \\
Průměrné zpoždění [s] &  69,34 &  76,26 &  10,0\,\% \\
Směrodatná odchylka zpoždění [s] &  53,97 &  60,51 &  12,1\,\% \\
Průměrná rychlost [km/h] &  28,85 &  28,04 &  -2,8\,\% \\
Směrodatná odchylka rychlosti [km/h] &  10,74 &  11,06 &   3,0\,\% \\
Hustota vozidel [voz/km] &  15,40 &  16,16 &   4,9\,\% \\
Průměrná doba zastavení [s] &  54,49 &  61,10 &  12,1\,\% \\
Směrodatná odchylka doby zastavení [s] &  50,70 &  56,61 &  11,7\,\% \\
Počet zastavení [-] &   2,10 &   2,23 &   5,9\,\% \\
\hline
\end{tabular}