% Add the following three lines to the preamble:
% \usepackage{multirow}
% \usepackage{dcolumn}
% \newcolumntype{,}{D{,}{,}{-1}}
\begin{tabular}{|l||,,|,|}
\hline
& \multicolumn{1}{c}{\multirow{2}{*}{Refrence}} & \multicolumn{1}{c}{\multirow{2}{*}{Agenti}} & \multicolumn{1}{|c|}{Agenti} \\
& \multicolumn{1}{c}{} & \multicolumn{1}{c}{} & \multicolumn{1}{|c|}{/Refrence} \\
\hline
Tok vozidel [voz/h] & 2333,00 & 2333,00 &   0,0\,\% \\
Průměrná doba jízdy [s] & 143,57 & 151,23 &   5,3\,\% \\
Směrodatná odchylka doby jízdy [s] &  54,74 &  56,54 &   3,3\,\% \\
Průměrné zpoždění [s] &  69,34 &  77,01 &  11,0\,\% \\
Směrodatná odchylka zpoždění [s] &  53,97 &  55,78 &   3,4\,\% \\
Průměrná rychlost [km/h] &  28,85 &  27,37 &  -5,1\,\% \\
Směrodatná odchylka rychlosti [km/h] &  10,74 &  10,37 &  -3,4\,\% \\
Hustota vozidel [voz/km] &  15,40 &  16,38 &   6,4\,\% \\
Průměrná doba zastavení [s] &  54,49 &  62,07 &  13,9\,\% \\
Směrodatná odchylka doby zastavení [s] &  50,70 &  52,13 &   2,8\,\% \\
Počet zastavení [-] &   2,10 &   2,21 &   4,9\,\% \\
\hline
\end{tabular}