% Add the following three lines to the preamble:
% \usepackage{multirow}
% \usepackage{dcolumn}
% \newcolumntype{,}{D{,}{,}{-1}}
\begin{tabular}{|l||,,|,|}
\hline
& \multicolumn{1}{c}{\multirow{2}{*}{Refrence}} & \multicolumn{1}{c}{\multirow{2}{*}{Agenti}} & \multicolumn{1}{|c|}{Agenti} \\
& \multicolumn{1}{c}{} & \multicolumn{1}{c}{} & \multicolumn{1}{|c|}{/Refrence} \\
\hline
Tok vozidel [voz/h] & 1399,00 & 1400,00 &   0,1\,\% \\
Průměrná doba jízdy [s] & 144,13 & 150,48 &   4,4\,\% \\
Směrodatná odchylka doby jízdy [s] &  72,94 &  77,83 &   6,7\,\% \\
Průměrné zpoždění [s] &  69,98 &  76,32 &   9,1\,\% \\
Směrodatná odchylka zpoždění [s] &  72,23 &  77,12 &   6,8\,\% \\
Průměrná rychlost [km/h] &  29,64 &  28,75 &  -3,0\,\% \\
Směrodatná odchylka rychlosti [km/h] &  11,06 &  11,12 &   0,6\,\% \\
Hustota vozidel [voz/km] &   9,35 &   9,78 &   4,5\,\% \\
Průměrná doba zastavení [s] &  56,56 &  62,77 &  11,0\,\% \\
Směrodatná odchylka doby zastavení [s] &  68,62 &  72,84 &   6,2\,\% \\
Počet zastavení [-] &   2,05 &   2,16 &   5,2\,\% \\
\hline
\end{tabular}