Changeset 609

Show
Ignore:
Timestamp:
09/13/09 23:14:23 (15 years ago)
Author:
smidl
Message:

remove "delays" from memory DS, check length of datasource

Files:
6 modified

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • applications/bdmtoolbox/mex/estimator.cpp

    r602 r609  
    6565void mexFunction ( int n_output, mxArray *output[], int n_input, const mxArray *input[] ) { 
    6666        // Check the number of inputs and output arguments 
    67         if(n_input<3) mexErrMsgTxt("Usage:\n"   
     67        if(n_input<2) mexErrMsgTxt("Usage:\n"   
    6868                "result=estimator(system, estimators, experiment, logger)\n" 
    6969                "  system     = struct('class','datasource',...);  % Estimated system\n" 
    7070                "  estimators = {struct('class','estimator',...),  % Estimators\n" 
    7171                "                struct('class','estimator',...),...} \n" 
    72                 "  experiment = struct('ndat',100);                % number of data in experiment \n" 
    7372                "  === optional ===" 
     73                "  experiment = struct('ndat',10);                 % number of data in experiment, full length of finite datasources, 10 otherwise \n" 
    7474                "  logger     = struct('class','mexlogger');       % How to store results, default=mexlog, i.e. matlab structure\n\n" 
    7575                "see documentation of classes datasource, BM, and mexlogger and their offsprings in BDM."); 
    … …  
    8181        Cfg.addGroup(input[0],"system"); 
    8282        Cfg.addList(input[1],"estimators"); 
    83         Cfg.addGroup(input[2],"experiment"); 
     83        if (n_input>2){ 
     84                Cfg.addGroup(input[2],"experiment"); 
     85        } 
    8486        if (n_input>3){ 
    8587                Cfg.addGroup(input[3],"logger"); 
    86         }else{ 
     88        }/*else{ 
    8789                // define logger as mexlog 
    8890                Setting &S=Cfg.getRoot(); 
    … …  
    9496                S["experiment"].lookupValue("ndat",maxlen); 
    9597                S["logger"]["maxlen"]=maxlen; 
    96         } 
     98        }*/ 
    9799        } catch(SettingException e){it_error("error: "+string(e.getPath()));} 
    98100 
    … …  
    111113#endif 
    112114         
    113         shared_ptr<logger> L = UI::build<logger>( Cfg, "logger"); 
    114115        shared_ptr<DS> Ds = UI::build<DS>( Cfg, "system" ); 
    115116        Array<shared_ptr<BM> > Es;      UI::get(Es,Cfg, "estimators" ); 
    116         int Ndat; 
    117         Cfg.lookupValue ( "experiment.ndat",Ndat ); 
    118  
     117        long Ndat=10; 
     118        if (Cfg.exists("experiment")) { 
     119                if (Cfg.lookupValue ( "experiment.ndat",Ndat )) { 
     120                        bdm_assert(Ndat<=Ds->max_length(), "Data source has less data then required"); 
     121                }; 
     122        } else { 
     123                if (Ds->max_length() < inf) { 
     124                        Ndat=Ds->max_length(); 
     125                };// else Ndat=10; 
     126        } 
     127        shared_ptr<logger> L = UI::build<logger>( Cfg, "logger",UI::optional); 
     128        if (!L) { 
     129                #ifdef MEX 
     130                //mex logger has only from_setting constructor - we  have to fill it... 
     131                L=new mexlog(Ndat); 
     132                #else 
     133                L=new memlog(Ndat, "estimator_logger.it"); 
     134                #endif 
     135        } 
     136         
    119137        Ds->log_add ( *L ); 
    120138        string Ename; 
    … …  
    137155        } 
    138156         
    139         for ( int tK=1;tK<Ndat;tK++ ) { 
    140                 Ds->step();                                                     // simulator step 
     157        for ( int tK=0;tK<Ndat;tK++ ) { 
    141158                Ds->getdata ( dt );                                     // read data 
    142159                Ds->logit ( *L ); 
    … …  
    147164                } 
    148165                L->step(); 
     166                Ds->step();                                                     // simulator step 
    149167        } 
    150168 

  • library/bdm/base/bdmbase.h

    r604 r609  
    945945                DS() : Drv(), Urv(),Yrv() {}; 
    946946 
     947        //! Returns maximum number of provided data, by default it is set to maximum allowed length, shorter DS should overload this method! See, MemDS.max_length(). 
     948        virtual int max_length() {return std::numeric_limits< int >::max();} 
    947949        //! Returns full vector of observed data=[output, input] 
    948950        virtual void getdata ( vec &dt ) { 

  • library/bdm/base/datasources.cpp

    r604 r609  
    99        bdm_assert_debug ( dt.length() == rowid.length(), "MemDS:getdata incompatible dt" ); 
    1010        for ( i = 0; i < rowid.length(); i++ ) { 
    11                 dt ( i ) = Data ( rowid ( i ), time - delays ( i ) ); 
     11                dt ( i ) = Data ( rowid ( i ), time ); 
    1212        } 
    1313} 
    … …  
    1818        for ( i = 0; i < indeces.length(); i++ ) { 
    1919                j = indeces ( i ); 
    20                 dt ( i ) = Data ( rowid ( j ), time - delays ( j ) ); 
     20                dt ( i ) = Data ( rowid ( j ), time ); 
    2121        } 
    2222} 
    … …  
    3535} 
    3636 
    37 MemDS::MemDS ( mat &Dat, ivec &rowid0, ivec &delays0 ) : rowid ( rowid0 ), delays ( delays0 ) { 
     37MemDS::MemDS ( mat &Dat, ivec &rowid0) : rowid ( rowid0 ) { 
    3838        bdm_assert_debug ( max ( rowid ) <= Dat.rows(), "MemDS rowid is too high for given Dat." ); 
    39         bdm_assert_debug ( max ( delays ) < Dat.cols(), "MemDS delays are too high." ); 
    4039 
    41         time = max ( delays ); 
     40        time = 0; 
    4241        Data = Dat; 
    4342} 

  • library/bdm/base/datasources.h

    r604 r609  
    3535                //!  vector of rows that are presented in Dt 
    3636                ivec rowid; 
    37                 //! vector of delays that are presented in Dt 
    38                 ivec delays; 
    39  
    40         public: 
     37 
     38        public: 
     39                int max_length() {return Data.cols();} 
    4140                void getdata ( vec &dt ); 
    4241                void getdata ( vec &dt, const ivec &indeces ); 
    … …  
    5453                //!Default constructor 
    5554                MemDS () {}; 
    56                 MemDS ( mat &Dat, ivec &rowid0, ivec &delays0 ); 
    57 }; 
     55                MemDS ( mat &Dat, ivec &rowid0); 
     56                /*! Create object from the following structure 
     57                \code 
     58                { class = 'MemDS'; 
     59                   Data = (...);            // Data matrix or data vector 
     60                   --- optional --- 
     61                   drv = {class='RV'; ...} // Identification how rows of the matrix Data will be known to others 
     62                   time = 0;               // Index of the first column to user_info, 
     63                   rowid = [1,2,3...];     // ids of rows to be used 
     64                } 
     65                \endcode 
     66                 
     67                If the optional fields are not given, they will be filled as follows: 
     68                \code 
     69                rowid= [0, 1, 2, ...number_of_rows_of_Data]; 
     70                drv = {names=("0", "1", "2", ..."number_of_rows_of_Data"); 
     71                      sizes=( 1    1    1 ...); 
     72                          times=( 0    0    0 ...); 
     73                          }; 
     74                time = 0; 
     75                \endcode 
     76                If \c rowid is given, \c drv will be named after indeces in rowids. 
     77                 
     78                Hence the data provided by method \c getdata() will be full column of matrix Data starting from the first record.  
     79                */ 
     80                void from_setting(const Setting &set){ 
     81                        UI::get(Data, set, "Data", UI::compulsory); 
     82                        if(!UI::get(time, set,"time", UI::optional)) {time =0;} 
     83                        if(!UI::get(rowid, set, "rowid",UI::optional)) {rowid =linspace(0,Data.rows()-1);} 
     84                        shared_ptr<RV> r=UI::build<RV>(set,"drv",UI::optional); 
     85                        if (!r) {r=new RV(); 
     86                                for (int i=0; i<rowid.length(); i++){ r->add(RV("ch"+num2str(rowid(i)), 1, 0));} 
     87                        } 
     88                        set_drv(*r,RV()); //empty urv 
     89                        dtsize=r->_dsize(); 
     90                        utsize=0; 
     91                } 
     92}; 
     93UIREGISTER(MemDS); 
    5894 
    5995/*!  \brief Simulate data from a static pdf 

  • library/bdm/mex/mex_datasource.h

    r596 r609  
    4444                //set MemDS 
    4545                rowid = linspace(0,Data.rows()-1); 
    46                 delays = zeros_i(Data.rows()); 
    4746                dtsize=rowid.length(); 
    4847                utsize=0; 

  • library/bdm/mex/mex_logger.h

    r593 r609  
    4747        //! constructor 
    4848        mexlog() : memlog ( 0, "" ) {}; 
     49        //! constructor 
     50        mexlog(long maxlen0) : memlog ( maxlen0, "" ) {}; 
    4951        //! 
    5052        mxArray* toCell() {