% ----------
% Add the following three lines to the preamble:
% \usepackage{multirow}
% \usepackage{dcolumn}
% \newcolumntype{,}{D{,}{,}{-1}}
% ----------
\begin{tabular}{|l||,,|,|}
\hline
& \multicolumn{1}{c}{\multirow{2}{*}{Reference}} & \multicolumn{1}{c}{\multirow{2}{*}{Agenti}} & \multicolumn{1}{|c|}{/Agenti} \\
& \multicolumn{1}{c}{} & \multicolumn{1}{c}{} & \multicolumn{1}{|c|}{/Reference} \\
\hline
Prùmìrná doba jízdy [s] &   3,68 &   3,74 &   1,6\,\% \\
Prùmìrné zpoždìní [s] &   0,51 &   0,57 &  11,7\,\% \\
Prùmìrná doba zastavení [s] &   0,14 &   0,33 & 137,6\,\% \\
Poèet zastavení [-] &   0,04 &   0,04 &  -6,9\,\% \\
\hline
\end{tabular}
% 5.495 - Øevnická (south) - input, right turn